Система MLVA14-типирования Yersinia pseudotuberculosis на основе мультилокусного анализа вариабельного числа тандемных повторов

Бактерия Yersinia pseudotuberculosis – этиологический агент псевдотуберкулеза, природно-очагового заболевания, регистрируемого в разных регионах мира. Штаммы псевдотуберкулезного микроба характеризуются значительным генетическим разнообразием и отличаются по патогенности и способности вызывать групповые и спорадические заболевания у человека. С 2022 г. на территории Российской Федерации выявлено 1090 случаев заражения псевдотуберкулезом, однако уровень заболеваемости остается все еще недооцененным. Современный уровень развития молекулярно-генетических технологий способствует разработке высокоэффективных методов детекции и дифференциации штаммов Y. pseudotuberculosis.
Цель исследования – разработка эффективной системы MLVA14-типирования для проведения внутривидовой генетической дифференциации Y. pseudotuberculosis, основанной на мультилокусном VNTR-анализе.
Материалы и методы. Проведен молекулярно-генетический и филогенетический анализ, а также O-генотипирование in silico 94 штаммов Y. pseudotuberculosis на основе их нуклеотидных последовательностей, депонированных в базе данных NCBI RefSeq.
Результаты и обсуждение. Установлена серологическая принадлежность, определен набор факторов патогенности и отношение к генетической группе, охарактеризованы филогенетические связи использованных в работе штаммов Y. pseudotuberculosis. Выявлено 14 ранее не описанных VNTR-локусов, отличающихся по свойствам и дискриминационной способности. При помощи веб-сервиса Primer-BLAST для обнаруженных молекулярных мишеней сконструированы фланкирующие праймеры. Методом in silico проведено MLVA-типирование штаммов и построена кладограмма родственных связей, показывающая, что разработанный способ MLVA14 дискриминирует близкородственные штаммы Y. pseudotuberculosis на те же группы, что и полногеномный SNP-анализ, но при помощи меньшего количества молекулярных мишеней. Разработанный способ MLVA14-типирования имеет высокую эффективность для проведения внутривидовой генетической дифференциации штаммов возбудителя псевдотуберкулеза.