Генотипическая характеристика клональных комплексов CTX–VPI+ Vibrio cholerae О1, обнаруживаемых в водоемах Ростовской области

Цель работы – выявление генотипических особенностей клональных комплексов, образуемых CTX–VPI+ штаммами холерных вибрионов, выделенными в разные годы из водоемов Ростовской области, на основе биоинформационного анализа их полногеномных сиквенсов (WGSs).

Материалы и методы. Полногеномное секвенирование выполняли на платформе MiSeq (Illumina), идентификацию в WGSs генетических детерминант и биоинформационный анализ – с использованием программ BioEdit, BLASTN, BLASTP, CARD, Vector NTI.

Результаты и обсуждение. В каждой группе изолятов 2002, 2005, 2007, 2020, 2021, 2022 гг. штаммы были практически идентичными и обнаруживались в разных точках отбора проб воды в течение более или менее длительных периодов (от 3 недель до 2 месяцев). Биоинформационный анализ WGSs представителей этих групп показал их разделение на 4 кластера, которые можно рассматривать как отдельные клональные комплексы, отличающиеся рядом характерных генетических маркеров: 1) изоляты 2002 г., содержащие один SNP в регуляторном гене rpoS; 2) штаммы 2007 г., несущие тандемно дуплицированный профаг preCTX; 3) штаммы, выделенные в 2020 г. в Ростове-на-Дону и в 2005 г. во время эпидосложнений в Каменском районе Ростовской области, которые имели «гибридный» остров патогенности, включающий кластер системы секреции 3-го типа и nan-nag-область острова VPI-2, а в гене rpoS присутствовало 9 SNP; 4) штаммы 2021 и 2022 гг. и единичный изолят 2018 г., содержащие делецию 9 п.н. в гене коллагеназы vchC. Несмотря на выявленные различия, представители всех клональных комплексов обладали достаточными наборами интактных детерминант факторов патогенности/персистенции для реализации вирулентных свойств и для обеспечения способности к выживанию в водоемах. Обнаружение в поверхностных водоемах клональных комплексов потенциально патогенных штаммов свидетельствует о периодическом создании благоприятных условий для их продолжительной циркуляции, что подчеркивает значимость постоянного мониторинга за холерными вибрионами на территории России.