Изучение структуры липополисахаридного кластера в геномах штаммов Vibrio cholerae R-вариантов

При определении способности штаммов Vibrio cholerae агглютинироваться диагностическими холерными сыворотками возможны затруднения при отнесении вибрионов к той или иной серогруппе в случае отклонения культуры от типичных по агглютинабельности признаков. Изучение генетических детерминант, позволяющих установить серогруппу, является актуальной задачей при проведении мониторинга контаминации холерными вибрионами поверхностных водоемов.Целью&nbsp;данной работы явилось сравнительное изучение структурной организации липополисахаридных кластеров (O-LPS) штаммов холерных вибрионов R-вариантов.Материалы и методы.&nbsp;Полногеномное секвенирование проведено на приборе Illumina MiSeq. Cборка осуществлялась&nbsp;de novo&nbsp;программой-сборщиком SPAdes (v. 3.11.1). Для поиска генов использовали программу blastn 2.5.0, для аннотирования входящих в кластеры генов – программу GeneMarkS. Поиск гомологичных участков проводили с помощью программы nucmer. Визуализация O-LPS-кластеров выполнена в программе SnapGene Viewer.Результаты и обсуждение.&nbsp;Кластеры генов, ответственных за биосинтез О-антигена, различались у разных штаммов&nbsp;V. Cholerae&nbsp;R-вариантов. Определено три типа O-LPS-кластеров, отличающихся размером и количеством входящих в их состав генов. Уникальных участков ДНК, общих для всей группы штаммов&nbsp;V. cholerae&nbsp;R-вариантов, обнаружить не удалось. Определены два гена, встречавшиеся у всех R-вариантов, но они не являются уникальными для этой группы штаммов и присутствуют также у представителей других серогрупп. Для двух типов кластеров обнаружен общий с&nbsp;V. cholerae&nbsp;O1 участок,&nbsp;содержащий IS-элемент.

Проблемы особо опасных инфекций

Vibrio cholerae

R-вариант

липополисахаридный кластер

серогруппа

rfb.

При определении способности штаммов Vibrio cholerae агглютинироваться диагностическими холерными сыворотками возможны затруднения при отнесении вибрионов к той или иной сер...

Изучение структуры липополисахаридного кластера в геномах штаммов Vibrio cholerae R-вариантов

Authors

Подойницына О.А.

Кругликов В.Д.

Левченко Д.А.

Водопьянов А.С.

Ежова М.И.

Носков А.К.

We recommend that you study