Совместная циркуляция коронавирусов среди грызунов и насекомоядных

Коронавирусы (семейство Coronaviridae, роды Alphacoronavirus и Betacoronavirus) являются возбудителями респираторных, кишечных и неврологических заболеваний человека и животных. Природные резервуары коронавирусов включают летучих мышей, грызунов и насекомоядных, однако в Российской Федерации циркуляция коронавирусов среди грызунов и насекомоядных не исследована.

Цель работы – исследование многообразия коронавирусов среди грызунов и насекомоядных, совместно обитающих в природных биотопах.

Материалы и методы. Грызуны (68 особей) и бурозубки рода Sorex (23 особи) отловлены на ограниченной лесной территории, не превышающей 1,5 кв. км, в окрестностях Новосибирска. Все образцы проанализированы методом обратной транскрипции – полимеразной цепной реакции с последующим секвенированием.

Результаты и обсуждение. В 4 видах отловленных мелких млекопитающих обнаружены 4 различных коронавируса. Ассоциированные с грызунами коронавирусы относились к роду Betacoronavirus, подрод Embecovirus, и демонстрировали филогенетическое группирование в соответствии с видом природного носителя. Уровень гомологии между новыми РНК-изолятами от красной полевки (Myodes rutilus), полевки-экономки (Microtus oeconomus) и полевой мыши (Apodemus agrarius) составлял 85,5–87,7 %. Нуклеотидные последовательности сибирских изолятов коронавируса близки (>93 % гомологии) ранее опубликованным последовательностям в каждой из групп носителей, обнаруженных на территории Европы и Китая, что предполагает их общее эволюционное происхождение. Коронавирус, выявленный в обыкновенной бурозубке (Sorex araneus), относился к роду Alphacoronavirus, однако значительно отличался (>36 % различий) от ранее выявленных штаммов, включенных в состав рода. Показано, что различные коронавирусы совместно циркулируют на ограниченной территории среди грызунов и насекомоядных.