Разработка комплексной системы молекулярно-генетической идентификации штаммов Yersinia pestis

В статье представлена разработанная комплексная система молекулярно-генетической идентификации штаммов Yersinia pestis в соответствии с их принадлежностью к подвидам, биоварам и филогеографическим популяциям, с помощью методов ПЦР в режиме реального времени (ПЦР -РВ ), аллель-специфической ПЦР -РВ и мультиплексных ПЦР с гибридизационно-флуоресцентным учетом результатов на твердой подложке. С использованием этой системы возможно установление принадлежности штаммов Y. pestis к следующим филогенетическим ветвям: 0.ANT1, 0.ANT2, 0.ANT3, 0.ANT5, 3.ANT, 4.ANT античного биовара основного подвида; 2.MED0, 2.MED1, 2.MED2, 2.MED3, 2.MED4 средневекового биовара основного подвида; 1.IN1, 1.IN2, 1.IN3 биовара intermedium основного подвида; 1.ORI1, 1.ORI2, 1.ORI3 восточного биовара основного подвида; 0.PE3 (ангольский подвид), 0.PE7 (тибетский подвид) и 0.PE10 (цинхайский подвид). Первый этап исследований в рамках разработанной системы – индикация возбудителя чумы с использованием зарегистрированных диагностических препаратов. Второй этап – установление принадлежности к отдельным подвидам методом ПЦР -РВ или методом системы мультиплексных ПЦР с гибридизационно-флуоресцентным учетом результатов на твердой подложке, позволяющей также определять принадлежность штаммов к биоварам основного подвида и основным филогенетическим линиям античного биовара. Третий этап – определение принадлежности штаммов к филогенетическим ветвям методом АС -ПЦР -РВ . Разработанная комплексная система молекулярно-генетической идентификации штаммов Y. pestis может быть применена на региональном и федеральном уровнях системы лабораторной диагностики инфекционных болезней Российской Федерации. Ее использование значительно облегчит и повысит оперативность проведения внутривидовой дифференциации штаммов Y. pestis в рамках эпидемиологического расследования вспышек или заносов штаммов возбудителя чумы на территорию Российской Федерации или при паспортизации штаммов в коллекционной деятельности.