Типирование некультивируемых изолятов Coxiella burnetii и Coxiella-подобных микроорганизмов, ассоциированных с клещами, с применением анализа нуклеотидной последовательности гена 16S рРНК

Возбудитель Ку-лихорадки – внутриклеточный патоген Coxiella burnetii – распространен практически по всему миру; в его циркуляции участвует множество видов кровососущих клещей, опасных для животных и человека. С помощью молекулярно-генетических методов обнаружены близкородственные виды микроорганизмов рода Coxiella sp., ряд которых является эндосимбионтами клещей, а некоторые могут выживать в организме человека, вызывая инфекционный процесс. Существование видов, гены которых по нуклеотидной последовательности сходны с генами C. burnetii, затрудняет генодиагностику патогена у членистоногих переносчиков. Цель данной работы – изучение возможности применения ПЦР для молекулярной диагностики и секвенирования протяженного фрагмента гена 16S рРНК для дифференциации C. burnetii от Coxiella-подобных микроорганизмов. Материалы и методы. Индивидуальные пробы кровососущих клещей исследовали для обнаружения бактерий рода Coxiella sp. с помощью стандартной ПЦР. Для положительных образцов получали протяженные фрагменты гена 16S рРНК и исследовали его с помощью секвенирования и множественного выравнивания с гомологичными последовательностями. Результаты и обсуждение. Из 96 исследованных клещей, собранных на территории Ульяновской области, один был положителен на присутствие ДНК C. burnetii и один – на присутствие ДНК Coxiella sp. Для изолята C. burnetii наибольшее сходство выявлено с западноевропейскими штаммами, для Coxiella-подобного микроорганизма – с близкородственными бактериями из клещей того же вида. Отмечены уникальные полиморфизмы для обнаруженных микроорганизмов. Установлено, что родоспецифичные праймеры к фрагменту гена 16S рРНК способны амплифицировать не только бактерии рода Coxiella sp., но и генетически дистанцированные виды. Анализ последовательности протяженного фрагмента гена 16S рРНК позволяет дифференцировать C. burnetii от Coxiella-подобных микроорганизмов; некоторые полиморфизмы гена, по-видимому, возникли в процессе микроэволюции в различных географических регионах. В европейской части Российской Федерации Coxiella-подобные бактерии обнаружены впервые.