Современные молекулярно-генетические методы и перспективы их применения для индикации и идентификации штаммов Yersinia pestis

В обзоре представлен анализ литературных данных, посвященных применению разнообразных современных молекулярно-генетических методов для проведения индикации и идентификации штаммов Yersinia pestis, обладающих разными свойствами и степенью вирулентности, что обусловлено разнообразными природными условиями, в которых они циркулируют. Методы рассмотрены и с позиции перспективности их применения на трех уровнях (территориальном, региональном и федеральном) системы лабораторной диагностики инфекционных болезней в организациях Роспотребнадзора, для решения задачи поддержания санитарно-эпидемиологического благополучия населения страны. Рассмотрены основные группы методов: основанные на анализе длин рестрикционных фрагментов (рибо- и IS-типирование, пульс-гельэлектрофорез); основанные на анализе специфических фрагментов (DFR-типирование, VNTR-типирование); основанные на секвенировании (MLST, CRISPR-анализ, SNP-анализ); ПЦР -методы (включая IPCR, SPA); методы изотермической амплификации (LAMP, HDA, RPA, SEA, PCA, SHERLOCK); ДНК‑ чипы; методы, использующие технологию аптамеров; био- и наносенсоры; ДНК - оригами; методы на основе нейронных сетей. В результате проведенного анализа можно сделать вывод о стремительном развитии молекулярной диагностики и генетики, которое направлено на повышение оперативности, многофакторности и упрощение применения с отсутствием необходимости в дорогостоящем оборудовании и высококвалифицированных кадрах для проведения анализа. На всех уровнях системы лабораторной диагностики инфекционных болезней в организациях Ропотребнадзора возможно использование методов, основанных на ПЦР, изотермической амплификации, SHERLOCK, биосенсорах, малогабаритных приборах для секвенирования. На территориальном уровне в противочумных станциях перспективным является использование иммуно‑ПЦР и SPA для проведения индикации Y. pestis. На региональном уровне многообещающим выглядит внедрение технологий, основанных на использовании аптамеров и ДНК‑ чипах. Для федерального уровня перспективно применение методов ДНК -оригами и новых технологий полногеномного секвенирования в рамках выполнения расширенной идентификации, молекулярного типирования и секвенирования геномов штаммов возбудителя чумы.