Вариабельность генов pgm‑области штаммов Yersinia pestis из Прикаспийского песчаного и сопредельных очагов чумы

Цель работы – сравнение нуклеотидных последовательностей генов pgm‑области штаммов Yersinia pestis, выделенных в 1925–2015 гг. на территории Прикаспийского песчаного и сопредельных очагов чумы. Материалы и методы. В работе использованы 65 штаммов Y. pestis из Прикаспийского песчаного и сопредельных очагов чумы. Выделение ДНК проводили с помощью набора PureLink Genomic DNA Mini Kit. Полногеномное секвенирование выполняли в Ion S5 XL System (Thermo Fischer Scientific). Обработку данных осуществляли с помощью Ion Torrent Suite software package 3.4.2 и NewblerGS Assembler 2.6. Для сравнения полученных последовательностей с генетическим банком данных GenBank NCBI использовали алгоритм Blast. Филогенетический анализ выполнен по данным полногеномного SNP‑анализа на основе 1183 выявленных SNPs. Поиск маркерных SNPs выполняли с помощью программы Snippy 4.6. Построение филогенетического дерева осуществляли с использованием алгоритма Maximum Likelihood, модель нуклеотидных замен GTR. Результаты и обсуждение. Проанализированы нуклеотидные последовательности генов pgm‑области 65 штаммов Y. pestis из Прикаспийского песчаного и сопредельных очагов чумы. Выявлены единичные нуклеотидные замены у штаммов Y. pestis из Прикаспийского песчаного и Кобыстанского равнинно-предгорного очагов в генах hmsR, astВ, ybtS, ypo1944, ypo1943, ypo1936, а также делеция в 5 п.н. в гене ypo1945, которая характерна для штаммов одной из филогенетических линий Y. pestis из очагов Кавказа и Закавказья, выделенных в 1968–2001 гг. Полученные данные могут быть использованы для дифференциации штаммов Y. pestis из Прикаспийского песчаного очага, а также в установлении направлений микроэволюции возбудителя чумы в этом регионе Прикаспия и сопредельных очагах.