Детекция Bacillus anthracis по генам профага lambda_Ba03 посредством ПЦР в реальном времени
Abstract
Цель исследования – разработка набора праймеров и флуоресцентных зондов для детекции двух хромосомных мишеней Bacillus anthracis методом ПЦР в реальном времени на основе генов профага lambda_Ba03.
Материалы и методы. При BLAST-анализе хромосомной ДНК B. anthracis в качестве мишеней определены два гена профага lambdaBa03: BA_5358 (AE016879.1: 4852332..4853642) и BA_5361 (AE016879.1: 4855298..4856278). Разработанные праймеры и флуоресцентные гидролизуемые пробы TaqMan для одновременной детекции хромосомной ДНК B. anthracis по двум указанным генам проверены в реакциях ПЦР в реальном времени на чувствительность и специфичность.
Результаты и обсуждение. Проведенные исследования на образцах хромосомной ДНК близкородственных бактерий (B. cereus, B. thuringiensis, B. subtilis, B. clausii) показали 100 % специфичность разработанных сетов праймеров/зондов. Чувствительность разработанного мультиплексного набора, исследованная на образцах ДНК вакцинного штамма м55‑ВНИИВВиМ и архивных образцах ДНК B. anthracis, составила 100 фг бактериальной ДНК, что в пересчете определяет предел чувствительности в 16,72 бактериального генома на реакцию. Разработанный мультиплексный набор позволяет использовать его как отдельный инструмент для исследовательских лабораторий, изучающих сибирскую язву.
Quoting
Низкородова А.С., Мальцева Э.Р., Бердыгулова Ж.А., Найзабаева Д.А., Куатбекова С.А., Жигайлов А.В., Абдолла Н., Машжан А.С., Ахметоллаев И.А., Скиба Ю.А., Мамадалиев С.М. Детекция Bacillus anthracis по генам профага lambda_Ba03 посредством ПЦР в реальном времени // Проблемы особо опасных инфекций. – 2022. – № 3. – С. 170-172. https://doi.org/10.21055/0370-1069-2022-3-170-172
