Реконструкция пространственной циркуляции Yersinia pestis средневекового биовара в Восточном Прикаспии в XX веке по данным полногеномного SNP-анализа

Комплексный анализ накопленных эпидемиологических и эпизоотологических данных в сочетании с результатами филогенетического анализа штаммов Yersinia pestis создает основу для установления закономерностей пространственно-временного распространения возбудителя чумы и открывает перспективу долговременного прогнозирования активизации природных очагов чумы. Ранее нами была проведена реконструкция направлений распространения Y. pestis средневекового биовара в очагах чумы Северного и Северо-Западного Прикаспия в XX – начале XXI в.

Цель данной работы – выявление закономерностей циркуляции Y. pestis средневекового биовара в четырех природных очагах чумы, расположенных в Восточном Прикаспии.

Материалы и методы. Проведено комплексное исследование фенотипических и генетических свойств 16 штаммов Y. pestis, выделенных в Устюртском, Мангышлакском, Каракумском и Копетдагском автономных пустынных очагах чумы в 1926–1985 гг. Выполнено их сравнение со штаммами из других природных очагов чумы Восточной Европы и Центральной Азии, полученных в 1917–2003 гг. Проведено полногеномное секвенирование 12 из этих штаммов. В филогенетический анализ включены геномы еще 19 штаммов Y. pestis, секвенированные нами ранее. На основе выявленных в коровом геноме 1717 полиморфных нуклеотидов (SNPs) построена дендрограмма родственных связей исследуемых штаммов.

Результаты и обсуждение. Определена принадлежность всех 16 штаммов Y. pestis из Устюртского, Мангышлакского, Копетдагского и Каракумского пустынных очагов к ветви 2.MED1 средневекового биовара. Все изученные штаммы из первых трех очагов и большинство штаммов из Каракумского очага вошли в каспийскую ветвь 2.MED1, а три штамма из Каракумского пустынного очага – в центральноазиатскую. Определены несколько волн распространения штаммов филогенетической ветви 2.MED1 Y. pestis средневекового биовара в Восточном Прикаспии в XX в.