Программные решения для индикации и идентификации патогенных микроорганизмов методом времяпролетной масс-спектрометрии

Эффективность дифференциации бактериальных патогенов методом MALDI-TOF масс-спектрометрии зависит от качества проведения пробоподготовки, соблюдения параметров анализа и от используемых статистических подходов, реализованных различными современными программными средствами. В обзоре дана краткая характеристика наиболее известного программного обеспечения, используемого при обработке и биоинформационном анализе данных времяпролетной масс-спектрометрии. Представлен перечень компьютерных платформ, программ и сред как коммерческих, так и находящихся в общем доступе. Приведены результаты индикации и идентификации возбудителей особо опасных и природно-очаговых инфекций методом MALDI-TOF массспектрометрии с помощью общедоступного программного обеспечения – язык программирования R, Mass-Up, Microbe MS, лицензированного – MatLab, ClinProTools, а также бесплатных веб-приложений, в том числе Speclust, Ribopeaks. Представлена информация об опыте использования таких известных платформ, как MALDI BioTyper, SARAMIS Vitek-MS и Andromas, для меж- и внутривидовой дифференциации штаммов близкородственных видов патогенных микроорганизмов. Приведены результаты идентификации и дифференциации микроорганизмов методом MALDI-TOF MS на основании выявления специфических белков для перекрестного сравнения – биомаркеров. Показано, что среда языка программирования R представляет собой одну из общедоступных универсальных платформ с оптимальным сочетанием алгоритмов обработки и интерпретации большого массива масс-спектрометрических данных.