Сравнительный анализ молекулярно-генетических свойств нетоксигенных штаммов Vibrio cholerae O1 биовара Эль Тор, изолированных в России и на эндемичных по холере территориях

Цель – сравнительный анализ молекулярно-генетических свойств нетоксигенных штаммов Vibrio cholerae O1 биовара Эль Тор, изолированных в Республике Калмыкия и на эндемичных по холере территориях, и установление их филогенетических связей с токсигенными изолятами.

Материалы и методы. Проведен биоинформационный анализ полногеномных последовательностей 60 штаммов холерных вибрионов из эндемичных по холере регионов и Калмыкии. Определено присутствие в их геномах островов патогенности и пандемичности. Показаны их ST-типы и проведен полногеномный SNP-анализ.

Результаты и обсуждение. Показано, что нетоксигенные холерные вибрионы Эль Тор, изолированные в Калмыкии, относятся к двум основным генотипам: ctxA–tcpA+VPI-2+VSP– и ctxA–tcpA–VPI-2Δ+VSP–, где VPI-2Δ+ означает наличие делеций разной протяженности в геноме этого острова патогенности. Среди них лишь последние обнаружены в регионах, эндемичных по холере. Кроме того, в эндемичных очагах холеры циркулируют популяции вибрионов ctxA–tcpA+VPI-2+VSP+, не обнаруженные в Калмыкии. Среди всех изученных штаммов выявлено 17 сиквенс-типов (по семи локусам генов «домашнего хозяйства»). Филогенетический анализ, проведенный с помощью SNP-типирования, показал отсутствие тесной генетической связи вибрионов из Калмыкии ctxA–tpA+VPI-2+VSP– как с токсигенными, так и с нетоксигенными вибрионами с иным составом островов патогенности и пандемичности. В то же время выявлена генетическая близость холерных вибрионов ctxA–tcpA–VPI-2Δ+VSP– из эндемичных очагов холеры с таковыми, изолированными в Калмыкии, что может указывать на возможность их периодического завоза на территорию России. Нетоксигенные штаммы V. cholerae, циркулирующие на территории Калмыкии, отличаются высоким генетическим разнообразием. Циркулирование штаммов уникальных сиквенс-типов позволяет сделать предположение об их способности к длительной персистенции на данной территории. Вместе с тем филогенетическая близость и идентичность некоторых штаммов со штаммами эндемичных территорий могут свидетельствовать о периодическом заносе.