Комплексная характеристика штаммов Yersinia pestis, выделенных в Сарыджазском и Верхненарынском высокогорных очагах в 2019–2020 гг.

Цель исследования – комплексный анализ фенотипических и генетических свойств штаммов Yersinia pestis, выделенных в Сарыджазском и Верхненарынском высокогорных очагах Тянь-Шаня в 2019–2020 гг.; определение современной популяционной структуры и ареала этих высоковирулентных штаммов возбудителя чумы.

Материалы и методы. Проведены исследования биохимических свойств (ферментация углеводов, питательные потребности), вирулентности (in vitro и на лабораторных животных); молекулярно-генетический анализ и полногеномное секвенирование штаммов Y. pestis, выделенных в Сарыджазском и Верхненарынском высокогорных очагах в 2019–2020 гг. Для сравнения использованы штаммы Y. pestis из очагов Тянь-Шаня и Памиро-Алая 1928–2016 гг. Полногеномное секвенирование проводили в системе Ion S5 XL System. Филогенетический анализ выполнен на основе 1443 выявленных коровых SNPs у 36 включенных в анализ штаммов Y. pestis различных филогенетических линий. Построение дендрограмм проводили с использованием алгоритма Maximum Likelihood, программы PHYML, модели HKY85.

Результаты и обсуждение. Установлена принадлежность всех штаммов Y. pestis, выделенных в Сарыджазском и Верхненарынском высокогорных очагах в 2019–2020 гг., к филогенетической ветви 0.ANT5 античного биовара основного подвида. По данным полногеномного секвенирования выявлено наличие двух клонов 0.ANT5, первый из которых состоит из штаммов 2020 г. из бассейна р. Коойлу в Сарыджазском очаге. Второй мощный клон включает штаммы 2012–2020 гг., выделенные в Сарыджазском и Верхненарынском очагах. Показана высокая вирулентность выделенных штаммов. Сделан вывод о необходимости дальнейшего исследования территорий высокогорных очагов Тянь-Шаня и Памиро-Алая для установления современных границ ареала 0.ANT5, а также выявления участков циркуляции Y. pestis других филогенетических линий.