Генотипическая структура Yersinia pestis ssp. central asiatica biovar altaica в Горно-Алтайском высокогорном природном очаге чумы при MLVA25-типировании

Цель работы – изучить генетическое разнообразие и пространственно-временную генотипическую структуру Yersinia pestis subspecies central asiatica biovar altaica в Горно-Алтайском высокогорном природном очаге чумы при MLVA25-типировании.

Материалы и методы. Проведено MLVA25-типирование 330 штаммов Y. pestis ssp. central asiatica bv. altaica, изолированных в Горно-Алтайском высокогорном природном очаге чумы в 1961–2015 гг. Построение филогенетического древа осуществляли методами UPGMA и MST.

Результаты и выводы. На основе кластерного анализа исследованные штаммы дифференцированы на 34 MLVA-типа. Сформированные крупные группы штаммов имеют выраженную пространственную приуроченность. Выявлены три хорологические группировки возбудителя чумы, обладающие своеобразием генотипических характеристик, каждая из которых распространена в пределах популяции основного носителя – монгольской пищухи (Уландрыкской, Тархатинской, Курайской) – и, соответственно, в одноименном мезоочаге. MLVA25-структура чумного микроба в Уландрыкском и Курайском мезоочагах характеризуется стабильностью во времени; существенные изменения не обнаруживаются с начала их выявления в 1961 и 1999 гг. соответственно. В Тархатинском мезоочаге, известном с 1972 г., наблюдаются кардинальные изменения MLVA25-структуры. Здесь с начала 1990-х гг. произошло массовое распространение MLVA25-типов, до этого периода встречавшихся с небольшой частотой, и элиминация таковых, абсолютно доминирующих до 1980 г. Наиболее вероятно, что смена доминирующих генотипов обусловлена эффектом «бутылочного горлышка», произошедшим в результате резкого снижения эпизоотической активности очага в середине 1980-х гг.