Мультилокусное сиквенс-типирование штаммов сибиреязвенного микроба, выделенных на территории России и сопредельных государств

Цель – генотипирование методом мультилокусного сиквенс-типирования (MLST) и проведение филогенетического анализа выборки из 40 штаммов Bacillus anthracis, выделенных на территории России и сопредельных государств.

Материалы и методы. В работе осуществлена сборка последовательностей семи генов домашнего хозяйства штаммов B. anthracis на основе данных полногеномного секвенирования нового поколения, после чего описаны выявленные мутации и их координаты. Полученные последовательности использованы для генотипирования исследуемой выборки методом MLST. Результаты сравнены с данными, представленными в базе данных PubMLST. Филогенетический анализ проведен для слитых in silico последовательностей семи локусов выявленных сиквенс-типов. Для построения дендрограмм использован программный пакет MEGA 7.0.

Результаты и обсуждение. В исследованной выборке обнаружено два сиквенс-типа (ST): 35 штаммов относились к ST-1, а пять штаммов, отличающихся одной общей мутацией в локусе glpF, – к ST-3 (согласно кодировке PubMLST), что подчеркивает генетическую обособленность данной группы штаммов. У одного штамма обнаружена уникальная мутация в гене gmk, находящаяся за пределами участка локуса, используемого для MLST.