Test

Филогенетическая история Каракумского пустынного очага

Цель исследования – анализ филогенетического родства штаммов и направлений распространения Yersinia&nbsp;pestis в Каракумском пустынном очаге в XX в.Материалы и методы. Выполнено полногеномное секвенирование 8 штаммов Yersinia pestis, выделенных в Каракумском пустынном очаге в 1949–1985 гг. При проведении&nbsp;филогенетического анализа также использованы нуклеотидные&nbsp;последовательности 16 штаммов Y. pestis из сопредельных очагов Восточного и Северного Прикаспия 1917–2002 гг., секвенированные в РосНИПЧИ «Микроб»&nbsp;на платформе Genestudio Ion S5XL (Thermo Fischer Scientific). Филогенетический анализ&nbsp;выполнен на основе 1720&nbsp;выявленных коровых SNPs. Построение филогенетического дерева проводили в программе PhyML 3.1 с помощью&nbsp;алгоритма Maximum Likelihood модели нуклеотидных замен GTR.Результаты и обсуждение. По данным полногеномного SNP анализа штаммов Y. pestis из Каракумского пустынного очага, очагов Восточного и Северного&nbsp;Прикаспия проведен филогенетический анализ популяций возбудителя чумы, циркулировавших в&nbsp;Туркменистане&nbsp;в XX в. Показано, что по территории Каракумского пустынного очага прошли три независимые волны распространения Y. pestis. Происхождение первой, зарегистрированной в 1912 г., вспышки чумы в юго-восточной части&nbsp;очага и ее этиологический агент остаются пока неустановленными. Вторая волна связана с распространением на&nbsp;этих территориях в 1949–1970 гг. северо-приаральской популяции 2.MED1 средневекового биовара, приведшим к&nbsp;проявлению здесь эпизоотической активности в 1949 г., а также к последующим случаям и вспышкам чумы в середине XХ в. В середине второй половины прошлого века Каракумского пустынного очага достигла&nbsp;еще одна волна&nbsp;распространения 2.MED1 из Северного Прибалхашья. Эта центрально-азиатская популяция также укоренилась в&nbsp;природном биоценозе Каракумского очага. Полученные данные свидетельствуют об активных процессах распространения Y. pestis средневекового биовара в Восточном Прикаспии в южной подзоне пустынь Евразии в XX в.&nbsp;

Проблемы особо опасных инфекций

Цель исследования – анализ филогенетического родства штаммов и направлений распространения Yersinia&nbsp;pestis в Каракумском пустынном очаге в XX в.Материалы и методы. Вып...