Полногеномное секвенирование и филогенетический анализ вакцинного штамма Francisella tularensis 15 НИИЭГ

Целью исследования стало проведение полногеномного секвенирования вакцинного штамма Francisella tularensis 15 НИИЭГ, а также определение на основании полученных результатов его филогенетических связей и особенностей генетической организации.Материалы и методы. Полногеномное секвенирование штамма F. tularensis 15 НИИЭГ осуществляли на платформах Ion PGM (Ion Torrent, США) и MinIon (Oxford Nanopore Technologies, Великобритания). Выравнивание полученных прочтений на полный геном штамма F. tularensis subsp. holarctica LVS (CP009694, США, 2015 г.) осуществляли с помощью программного пакета DNASTAR Lasergene 15.3. Гибридную сборку ридов в контиги осуществляли с помощью программы Unicycler v. 0.4.4, используя данные, полученные по технологии полупроводникового секвенирования (Ion PGM) и секвенирования через нанопоры (MinIon). Филогенетический анализ выполняли на основе данных о найденных единичных нуклеотидных заменах (SNPs), находящихся в коровой части генома F. tularensis. Для построения дендрограммы по полученным данным общей SNP-матрицы использовали алгоритм Maximum parsimony.Результаты и обсуждение. Подтверждено близкое родство штамма F. tularensis 15 НИИЭГ с вакцинным штаммом F. tularensis LVS, который используется в странах Западной Европы и Северной Америки. При поиске общих единичных мутаций, характерных для вакцинных штаммов F. tularensis 15 НИИЭГ и LVS, найдены 5 уникальных SNPs, отличающих их от других 228 штаммов F. tularensis, используемых при сравнении. Геномный анализ вакцинного штамма F. tularensis 15 НИИЭГ относительно вирулентных штаммов выявил в его структуре две протяженные делеции размером 526 п.н. (гены pilA и pilE) и 1480 п.н. (гены, кодирующие липопротеин). Аналогичные делеции присутствуют и в геноме вакцинного штамма F. tularensis LVS.

Проблемы особо опасных инфекций

полногеномное секвенирование

филогенетический анализ

Francisella tularensis

вакцинный штамм

Целью исследования стало проведение полногеномного секвенирования вакцинного штамма Francisella tularensis 15 НИИЭГ, а также определение на основании полученных результатов...

Полногеномное секвенирование и филогенетический анализ вакцинного штамма Francisella tularensis 15 НИИЭГ

Authors

Нарышкина Е.А.

Краснов Я.М.

Альхова Ж.В.

Баданин Д.В.

Осин А.В.

Ляшова О.Ю.

Саяпина Л.В.

Бондарев В.П.

Меркулов В.А.

Олефир Ю.В.

We recommend that you study