Филогения и историко-географический анализ штаммов Yersinia pestis из Вьетнама

Цель работы – выявление молекулярно-генетических особенностей, полногеномное секвенирование и фило- генетический анализ штаммов Yersinia pestis, выделенных во Вьетнаме в период 1962–1989 гг.

Материалы и методы. Проведено изучение свойств 50 штаммов Y. pestis, полногеномное секвенирование 18 и фрагментное секвенирование 32 штаммов из Вьетнама. Филогенетический анализ выполнен по данным полногеномного SNP- анализа на основе 1391 выявленного SNP. Полногеномный SNP-анализ и поиск маркерных SNPs выполняли с помощью программы Wombac 2.0. Построение филогенетического дерева проводили с использованием алгоритма Maximum Likelihood.

Результаты и обсуждение. Определено наличие нескольких филогенетических ветвей и популяций Y. pestis, соответствующих географическому и историческому распространению штаммов. Основная часть штаммов из Вьетнама относится к ветви, обозначенной нами 1.ORI2v. Два штамма составляют отдельную ветвь вместе со штаммом из Индии линии 1.ORI2, еще один штамм 55-801 Saigon располагается обособленно среди штаммов линии 1.ORI1. На основании полученных данных и литературных источников можно предполо- жить, что проникновение чумы во Вьетнам происходило несколько раз: в город Нячанг в 1898 г. морским путем, в северные провинции страны – в 1908 г. Вторая волна распространения штаммов Y. pestis по территории Вьетнама началась с 60-х годов XX в. с появлением штаммов из природного очага чумы в провинции Юньнань в Китае.