Коронавирусы, циркулирующие среди грызунов и насекомоядных в Республике Алтай

Коронавирусы (семейство Coronaviridae, роды Alphacoronavirus и Betacoronavirus) относятся к числу опасных вирусных патогенов, вызвавших три вспышки тяжёлых респираторных заболеваний SARS, MERS, COVID-19. В России данные о коронавирусах, циркулирующих в природных резервуарах, ограничены, так как исследования начались только во время пандемии COVID-19.

Цель работы. Исследование многообразия коронавирусов среди грызунов и насекомоядных в Республике Алтай.

Материалы и методы. Грызуны (67 особей) и насекомоядные (52 особи) были отловлены в 2022 г. Образцы проанализированы методом обратной транскрипции – полимеразной цепной реакции и последующим секвенированием.

Результаты и обсуждение. Положительными на коронавирусы оказались 4 образца от грызунов (Myodes rutilus, M. glareolus, Apodemus peninsulae, A. agrarius) и 2 образца от насекомоядного (Crocidura sibirica), в которых обнаружены 3 различных коронавируса. Ассоциированные с грызунами коронавирусы отнесены к роду Betacoronavirus, подроду Embecovirus и демонстрировали филогенетическое группирование в соответствии с видом природного носителя. Нуклеотидные последовательности сибирских изолятов коронавирусов от грызунов были идентичными для носителей близкородственных видов (M. rutilus и M. glareolus, A. agrarius и A. peninsulae) и близки (> 94 % гомологии) к ранее опубликованным последовательностям в каждой из групп носителей, обнаруженных на территории Новосибирской области, Европы и Китая. К роду Betacoronavirus отнесён и коронавирус, выявленный от насекомоядного, возможно, относящийся к новому подроду семейства Coronaviridae.

Заключение. Обнаружены 5 видов природных носителей 3 различных коронавирусов на территории Республики Алтай. Выявлен высокий уровень идентичности геномов коронавирусов от грызунов, свидетельствующий об относительно низкой скорости их эволюции.