Геномная характеристика и филогения штамма Burkholderia pseudomallei И-16, возбудителя первого диагностированного заносного случая мелиоидоза в России

Цель работы – выявление генетических особенностей и определение филогенетических связей штамма Burkholderia pseudomallei И-16, выделенного из секционного образца в Иркутской области в 2024 г. при случае летального молниеносного мелиоидоза, завезенного из Таиланда.
Материалы и методы. Молекулярногенетический анализ генома B. pseudomallei И-16 в сравнении с 34 геномами из публичных баз данных проводили с использованием ресурсов PubMLST, IslandViewer 4, NGphylogeny и iTOL v6.
Результаты и обсуждение. Показано, что B. pseudomallei И-16 относится к достаточно редкому и ограниченно распространенному сиквенстипу ST23. Филогенетический анализ на основании анализа конкатенированных последовательностей схемы cgMLST показал кластеризацию B. pseudomallei И-16 в одну кладу со штаммами из Таиланда, Лаоса и Камбоджи; ближайшие штаммы DR10212A и 708а таиландского происхождения отличались от И-16 соответственно на 820 и 958 локусов основного генома. В составе генома B. pseudomallei И-16 обнаружены одна вероятная интегрированная плазмида и три профага. Проведенный анализ наличия вариабельно присутствующих у возбудителя мелиоидоза факторов вирулентности на предсказанных у B. pseudomallei И-16 MGEs показал наличие пар «эффектор – иммунитет» – T6SS-связанного эффектора TOX-REase-5 и нейтрализующего его белка, ДНК-дезаминазного токсина DddA и нейтрализующего белка CdiI. Кроме того, обнаружены кластеры генов T6SS и T4SS, эффекторы T3SS HrpK и ChbP, гены фактора вирулентности TspB и токсина Zot, адгезинов семейства YadA – BoaA и BpaС, дельта-токсина семейства Cry8Ea1 и его секреторного белка VirK, гены белка секреции/активации гемолизина семейства ShlB/FhaC/HecB и нитевидного гемагглютинина fhaB3. Таким образом, у исследованного штамма B. pseudomallei И-16 в геноме имеется достаточно представительный дополнительный набор генов факторов вирулентности, приобретенных путем горизонтального переноса, что является наиболее вероятной причиной его высокой вирулентности.