Геномная характеристика и филогения штамма Burkholderia pseudomallei И-16, возбудителя первого диагностированного заносного случая мелиоидоза в России

Цель работы – выявление генетических особенностей и определение филогенетических связей штамма Burkholderia pseudomallei И-16, выделенного из секционного образца в Иркутской области в 2024 г. при случае летального молниеносного мелиоидоза, завезенного из Таиланда. Материалы и методы. Молекулярногенетический анализ генома B. pseudomallei И-16 в сравнении с 34 геномами из публичных баз данных проводили с использованием ресурсов PubMLST, IslandViewer 4, NGphylogeny и iTOL v6. Результаты и обсуждение. Показано, что B. pseudomallei И-16 относится к достаточно редкому и ограниченно распространенному сиквенстипу ST23. Филогенетический анализ на основании анализа конкатенированных последовательностей схемы cgMLST показал кластеризацию B. pseudomallei И-16 в одну кладу со штаммами из Таиланда, Лаоса и Камбоджи; ближайшие штаммы DR10212A и 708а таиландского происхождения отличались от И-16 соответственно на 820 и 958 локусов основного генома. В составе генома B. pseudomallei И-16 обнаружены одна вероятная интегрированная плазмида и три профага. Проведенный анализ наличия вариабельно присутствующих у возбудителя мелиоидоза факторов вирулентности на предсказанных у B. pseudomallei И-16 MGEs показал наличие пар «эффектор – иммунитет» – T6SS-связанного эффектора TOX-REase-5 и нейтрализующего его белка, ДНК-дезаминазного токсина DddA и нейтрализующего белка CdiI. Кроме того, обнаружены кластеры генов T6SS и T4SS, эффекторы T3SS HrpK и ChbP, гены фактора вирулентности TspB и токсина Zot, адгезинов семейства YadA – BoaA и BpaС, дельта-токсина семейства Cry8Ea1 и его секреторного белка VirK, гены белка секреции/активации гемолизина семейства ShlB/FhaC/HecB и нитевидного гемагглютинина fhaB3. Таким образом, у исследованного штамма B. pseudomallei И-16 в геноме имеется достаточно представительный дополнительный набор генов факторов вирулентности, приобретенных путем горизонтального переноса, что является наиболее вероятной причиной его высокой вирулентности.

Проблемы особо опасных инфекций

B. pseudomallei

мелиоидоз

горизонтальный перенос генов

cgMLST

филогения

Цель работы – выявление генетических особенностей и определение филогенетических связей штамма Burkholderia pseudomallei И-16, выделенного из секционного образца в Иркутско...

Геномная характеристика и филогения штамма Burkholderia pseudomallei И-16, возбудителя первого диагностированного заносного случая мелиоидоза в России

Авторы

Захарова И.Б.

Чирсков П.Р.

Бартенева М.В.

Топорков А.В.

Рекомендуем изучить