Test

Вариабельность генов omp25 и omp2a у штаммов бруцелл различного таксономического положения

Цель исследования&nbsp;– выявление структурных отличий в генах бруцелл&nbsp;omp25&nbsp;и&nbsp;omp2a, позволяющих определять их таксономическое положение.Материалы и методы. Объектами исследования служили нуклеотидные последовательности полных геномов 48 штаммов бруцелл, представленных в базе данных GenBank NCBI. Для оценки гомологии последовательностей использовали алгоритм BLAST и программу MEGA 11.Результаты и обсуждение. У 13 видов бруцелл и&nbsp;Brucella&nbsp;spp. с неустановленной видовой принадлежностью воспроизведены&nbsp;in silico&nbsp;рестрикционные профили&nbsp;HindIII, EcoRV и EcoRI, AluI&nbsp;участков генома, включающих соответственно гены&nbsp;omp25&nbsp;и&nbsp;оmp2a, фланкированные праймерами 25А-25B и 2AB-2AA. В гене&nbsp;omp25&nbsp;выявлено 11 несинонимичных и 24 синонимичные мутации; две делеции: ∆103–108 п.н. – у&nbsp;В. nosferati, ∆562–597 п.н. – у В. ovis; вставка ACT после 585 п.н. – у&nbsp;В. vulpis. Вариабельность гена&nbsp;omp2a&nbsp;у изученных штаммов бруцелл была значительно выше. Выявлены 138 SNPs, из них 60 приводят к замене аминокислот, две формируют стоп-кодоны, дополнительно одна делеция ∆424–561 п.н. – у&nbsp;В. abortus&nbsp;1, 2, 4-го биоваров. Единичные мутации в генах&nbsp;omp2a&nbsp;и&nbsp;omp25&nbsp;имели как групповую специфичность – для нескольких видов, так и уникальную – для определенного вида или биовара патогена. Аллельные профили генов&nbsp;omp25&nbsp;и&nbsp;omp2a&nbsp;обладают большей разрешающей способностью, чем изученные их рестрикционные профили. Выявленные изменения в структуре генов&nbsp;omp25&nbsp;и&nbsp;omp2a&nbsp;коррелируют с циркуляцией отдельных видов и биоваров бруцелл в организме определенных носителей. В указанных генах показано наличие делеций, вставок и единичных полиморфных нуклеотидов, специфичных для видов, групп видов и в ряде случаев – биоваров патогена.

Проблемы особо опасных инфекций

Цель исследования&nbsp;– выявление структурных отличий в генах бруцелл&nbsp;omp25&nbsp;и&nbsp;omp2a, позволяющих определять их таксономическое положение.Материалы и методы....