Внутривидовая дифференциация штаммов Francisella tularensis методом мультилокусной полимеразной цепной реакции с учетом результатов в режиме реального времени

Цель – разработка способа внутривидовой дифференциации туляремийного микроба: подвиды tularensis (субпопуляции AI и AII), holarctica (биовары japonica, EryS/R), mediasiatica&nbsp;и&nbsp;novicida –&nbsp;с помощью мультилокусной ПЦР с учетом результатов в режиме реального времени.&nbsp;Материалы и методы.&nbsp;В работе использовали 48 штаммов&nbsp;Francisella tularensis&nbsp;различных подвидов, биоваров и субпопуляций. Внутривидовую принадлежность штаммов устанавливали на основании анализа вариабельности области дифференциации RD-1 методом ПЦР , гена&nbsp;sdhA&nbsp;– методом фрагментного секвенирования по Сэнгеру, диско-диффузионным методом с использованием дисков с эритромицином. Подбор праймеров и зондов проводили с помощью программного обеспечения на сайте www.genscript.com и программы GeneRunner 6.5.52. Оценку гомологии последовательностей – по алгоритму BLAST, используя базу данных GenBank NCBI.&nbsp;Результаты и обсуждение.&nbsp;Получены новые данные по структуре и встречаемости областей дифференциации RD-8, RD-12, RD-28, гена&nbsp;FTT1122с&nbsp;и гомологичных ему последовательностей у штаммов туляремийного микроба различной подвидовой принадлежности. Выявлена новая RDhm размером 346 п.н., характерная для штаммов subsp.&nbsp;mediasiatica,&nbsp;holarctica, которая делетирована у subsp.&nbsp;tularensis&nbsp;и отсутствует у subsp.&nbsp;novicida. На основе выявления локусов&nbsp;FTT1670,&nbsp;FTT1122с,&nbsp;FTT1067,&nbsp;FTW_2084&nbsp;разработана мультилокусная ПЦР с учетом результатов в режиме реального времени «F. tularensis&nbsp;4c», обеспечивающая определение всех подвидов туляремийного микроба, отдельно биовара japonica голарктического подвида и субпопуляций АI, AII подвида&nbsp;tularensis. Подтверждена ее специфичность при исследовании штаммов туляремийного микроба из фонда Государственной коллекции патогенных бактерий ФКУН Российский противочумный институт «Микроб». Полученные результаты расширяют представление о внутривидовой генетической неоднородности туляремийного микроба и возможности идентификации возбудителя туляремии с помощью молекулярно-генетических методов. Они также важны для понимания процессов приспособления возбудителя к циркуляции в макроорганизме и объектах окружающей среды, направлений эволюции и образования новых видов франциселл.

Проблемы особо опасных инфекций

мультилокусная ПЦР 

внутривидовая дифференциация

Francisella tularensis

биовары

подвиды

области дифференциации RD

структурная организация

Цель – разработка способа внутривидовой дифференциации туляремийного микроба: подвиды tularensis (субпопуляции AI и AII), holarctica (биовары japonica, EryS/R), mediasiatic...

Внутривидовая дифференциация штаммов Francisella tularensis методом мультилокусной полимеразной цепной реакции с учетом результатов в режиме реального времени

Авторы

Осина Н.А.

Ситмбетов Д.А.

Булгакова Е.Г.

Чекмарева С.С.

Сазанова Е.В.

Сеничкина А.М.

Ляшова О.Ю.

Осин А.В.

Щербакова С.А.

Рекомендуем изучить