Новые генетические маркеры для молекулярного типирования штаммов Bacillus anthracis

Цель - выявление новых генетических маркеров для использования в молекулярном типировании Bacillus anthracis. Материалы и методы. исследовали геномы 16 штаммов B. anthracis из коллекции ФКУЗ «Ставропольский противочумный институт», 11 штаммов B. anthracis и 5 штаммов Bacillus cereus из GenBank. использовали методы анализа in vitro и in silico канонических и полногеномных единичных нуклеотидных полиморфизмов (SNP), областей генома с вариабельным числом тандемных повторов (VNTR). Результаты и обсуждение. У ряда штаммов B. anthracis главной генетической линии B в пределах гомологичных генов трицистронного оперона gerH, кодирующего белки, связанные прорастанием спор, имеются делеции и (или) замены единичных нуклеотидов. гены gerA оперона содержат VNTR-локус Bams34, размеры генов у разных штаммов варьируют из-за разного числа тандемных повторов и наличия инделов, что предполагает вариабельность белков GerA прорастания спор. в области отжига обратного праймера у части из них имеются SNP или делеция, что делает невозможной пцр-амплификацию локуса Bams34. идентифицированы не описанные VNTR-локус, SNP и индел в последовательностях плазмид pXO1 и pXO2, а также SNP в хромосомном гене транспортера глицерол-3-фосфата. сконструированы две пары пцр-праймеров к плазмидным областям, содержащим инделы. VNTR-локус, SNP и инделы в последовательностях плазмид pXO1 и pXO2 пригодны в качестве генетических маркеров для дифференциации типичных вирулентных диплазмидных штаммов по принадлежности к основным генетическим линиям B. anthracis A, B и C. Аллель T SNP в пределах хромосомного гена glpT является специфичной для одного из двух штаммов, выделенных в ходе одной вспышки сибирской язвы, и отличает его от всех других штаммов B. anthracis.