MLVA25- и CRISPR-генотипы штаммов Yersinia pestis из Прикаспийского песчаного очага чумы

Цель работы – изучение генетического разнообразия и пространственно-временной структуры Yersinia pestis в Прикаспийском песчаном очаге чумы с использованием методов MLVA25- и CRISPR-типирования.

Материалы и методы. В работе использовано 98 штаммов Y. pestis, выделенных на территории Прикаспийского песчаного очага чумы в 1925–2015 гг. Полногеномное секвенирование выполняли на платформах Ion GeneStudio S5 System (ThermoFisher Scientific) и MGI (DNBSEQ-G50RS). Фрагментное секвенирование проводили с помощью ABI PRISM 3500XL. Поиск VNTR- и CRISPR-локусов с последующим выравниванием нуклеотидных последовательностей осуществляли в программе MEGA X. Полученные последовательности вносили в созданную базу данных в программе Bionumerics v7.6 (Applied Maths). Построение филогенетического дерева осуществляли методом UPGMA.

Результаты и обсуждение. По результатам проведенного MLVA25- и CRISPR-анализа 98 штаммов Y. pestis разделились на 60 генотипов (CS1 – CS60). Выявлена вариабельность по 23 VNTR-локусам. Описаны 7 новых CRISPR-спейсеров: 5 – в YPa и 2 – в YPb (размер – 31–33 п.н., GC-состав – 34–58 %). Описанные спейсеры получили названия а108, а109, а110, а111, a112, b53, b54. Выявлена взаимосвязь изменения копийности VNTRлокусов в зависимости от места и времени выделения штаммов. Полученные данные могут быть использованы для проведения молекулярно-генетической паспортизации территории Прикаспийского песчаного очага чумы и для изучения направлений и закономерностей эволюции и пространственно-временной циркуляции популяций Y. pestis в очагах чумы Прикаспия.