MLVA25- и CRISPR-генотипы штаммов Yersinia pestis из Прикаспийского песчаного очага чумы

Цель работы&nbsp;– изучение генетического разнообразия и пространственно-временной структуры&nbsp;Yersinia pestis&nbsp;в Прикаспийском песчаном очаге чумы с использованием методов MLVA25- и CRISPR-типирования.Материалы и методы. В работе использовано 98 штаммов&nbsp;Y. pestis, выделенных на территории Прикаспийского песчаного очага чумы в 1925–2015 гг. Полногеномное секвенирование выполняли на платформах Ion GeneStudio S5 System (ThermoFisher Scientific) и MGI (DNBSEQ-G50RS). Фрагментное секвенирование проводили с помощью ABI PRISM 3500XL. Поиск VNTR- и CRISPR-локусов с последующим выравниванием нуклеотидных последовательностей осуществляли в программе MEGA X. Полученные последовательности вносили в созданную базу данных в программе Bionumerics v7.6 (Applied Maths). Построение филогенетического дерева осуществляли методом UPGMA.Результаты и обсуждение. По результатам проведенного MLVA25- и CRISPR-анализа 98 штаммов&nbsp;Y. pestis&nbsp;разделились на 60 генотипов (CS1 – CS60). Выявлена вариабельность по 23 VNTR-локусам. Описаны 7 новых CRISPR-спейсеров: 5 – в&nbsp;YPa&nbsp;и 2 – в&nbsp;YPb&nbsp;(размер – 31–33 п.н., GC-состав – 34–58 %). Описанные спейсеры получили названия а108, а109, а110, а111, a112, b53, b54. Выявлена взаимосвязь изменения копийности VNTRлокусов в зависимости от места и времени выделения штаммов. Полученные данные могут быть использованы для проведения молекулярно-генетической паспортизации территории Прикаспийского песчаного очага чумы и для изучения направлений и закономерностей эволюции и пространственно-временной циркуляции популяций&nbsp;Y. pestis&nbsp;в очагах чумы Прикаспия.

Проблемы особо опасных инфекций

чума

штаммы Yersinia pestis

Прикаспийский песчаный очаг

MLVA- и CRISPR-генотипирование

Цель работы&nbsp;– изучение генетического разнообразия и пространственно-временной структуры&nbsp;Yersinia pestis&nbsp;в Прикаспийском песчаном очаге чумы с использованием ...

MLVA25- и CRISPR-генотипы штаммов Yersinia pestis из Прикаспийского песчаного очага чумы

Authors

Горюнова П.А.

Ерошенко Г.А.

Балыкова А.Н.

Коврижников А.В.

Шевченко К.С.

Куклева Л.М.

Нарышкина Е.А.

Червякова Н.С.

Кутырев В.В.

We recommend that you study