Изучение структуры липополисахаридного кластера в геномах штаммов Vibrio cholerae R-вариантов

При определении способности штаммов Vibrio cholerae агглютинироваться диагностическими холерными сыворотками возможны затруднения при отнесении вибрионов к той или иной серогруппе в случае отклонения культуры от типичных по агглютинабельности признаков. Изучение генетических детерминант, позволяющих установить серогруппу, является актуальной задачей при проведении мониторинга контаминации холерными вибрионами поверхностных водоемов.

Целью данной работы явилось сравнительное изучение структурной организации липополисахаридных кластеров (O-LPS) штаммов холерных вибрионов R-вариантов.

Материалы и методы. Полногеномное секвенирование проведено на приборе Illumina MiSeq. Cборка осуществлялась de novo программой-сборщиком SPAdes (v. 3.11.1). Для поиска генов использовали программу blastn 2.5.0, для аннотирования входящих в кластеры генов – программу GeneMarkS. Поиск гомологичных участков проводили с помощью программы nucmer. Визуализация O-LPS-кластеров выполнена в программе SnapGene Viewer.

Результаты и обсуждение. Кластеры генов, ответственных за биосинтез О-антигена, различались у разных штаммов V. Cholerae R-вариантов. Определено три типа O-LPS-кластеров, отличающихся размером и количеством входящих в их состав генов. Уникальных участков ДНК, общих для всей группы штаммов V. cholerae R-вариантов, обнаружить не удалось. Определены два гена, встречавшиеся у всех R-вариантов, но они не являются уникальными для этой группы штаммов и присутствуют также у представителей других серогрупп. Для двух типов кластеров обнаружен общий с V. cholerae O1 участок, содержащий IS-элемент.